Dans les Bouches-du-Rhône, le littoral présente deux faciès complètement différents aussi bien en termes de paysages que d’enjeux de biodiversité et géographiquement bien séparés :

Le littoral sableux, depuis la limite départementale avec le Gard jusqu’à Port-de-Bouc. Les milieux d’intérêt, offerts par ce littoral, correspondent à la série des dunes (dune embryonnaire, dune blanche et dune grise) et aux milieux d’arrière-plage, souvent aquatiques (lagunes, étangs, marais et sansouïres) également remarquables.

Le littoral rocheux et son chapelet d’îles (archipels du Frioul et du Riou, île Verte, île du Planier) depuis Port-de-Bouc jusqu’à la limite départementale avec le Var. Ces milieux rocheux (falaise, éboulis,…) ont la particularité d’être soumis à des conditions extrêmes et sévères (sécheresse, salinité, vent) et renferment une faune et une flore adaptées et remarquables. Ces secteurs sont régulièrement accompagnés de quelques anses ou criques renfermant des cordons sableux (La Ciotat, Le Rouet, Sainte-Croix…). Paysages emblématiques du département, les calanques font partie de ce littoral rocheux et associent le blanc des falaises calcaires abruptes, le vert des garrigues et le bleu de la mer en un ensemble exceptionnel.

L’étang de Berre est l’une des plus grandes lagunes d’Europe. Malgré la pression anthropique, il est un milieu d’une très grande richesse floristique et faunistique. Il est accompagné par un ensemble d’étangs de taille plus réduite entre Istres et Port-de-Bouc. L’originalité de ces milieux réside dans la mosaïque complexe et imbriquée d’eau douce et salée, de milieux marécageux toujours en eau et de mares temporaires.

Le département offre de nombreux paysages d’étangs, dans la plaine de la Crau, dans la vallée des Baux, en Camargue ou autour de l’étang de Berre, amorçant la transition avec les paysages du Rhône. Enfin, les étangs de Crau constituent des plans d’eau douce permanents, bordés de la végétation typique des ripisylves (frênes, peupliers) et sont généralement colonisés par des herbiers aquatiques et des roselières. Leur végétation luxuriante est bien lisible sur les étendues sèches qui les entourent.

Ce sont des milieux qui ont subi de profondes transformations liées au développement de l’agriculture, des salins en Camargue et des industries lourdes (sidérurgie, raffinerie) et portuaires dans le Golfe de Fos. Malgré cette artificialisation, ils renferment encore des milieux naturels de grande qualité et d’une richesse exceptionnelle (faune et flore) en raison de leurs caractéristiques intrinsèques : omniprésence de l’eau, forte variabilité de la salinité selon les secteurs induisant une grande diversité. Les principaux types de milieux naturels aquatiques rencontrés sont :

• Les sansouïres : vastes étendues dominées par des espèces buissonnantes comme la salicorne, la soude, la saladelle…
• Les lagunes, étangs et baisses saumâtres : immenses étangs (étang de Vaccarès) et multitude de baisses et milieux lagunaires de faible profondeur et de taille très variable.
• Les marais d’eau douce : étendues d’eau douce à saumâtre, permanentes ou non, occupées par des formations de roseaux.

Plusieurs grandes entités marécageuses sont localisées sur la partie ouest du territoire, principalement sur la plaine de Crau : les marais des Baux aux pieds des Alpilles, les marais de Raphèle-les-Arles et la multitude de marais du sud-ouest de la plaine.

L’ensemble de ces marais est alimenté (en totalité ou en partie) par la nappe de Crau, elle-même alimentée par les canaux d’irrigation de la Crau verte, depuis la Durance et en moindre mesure par les précipitations. Dans ces marais, l’eau ressort par des résurgences, appelées des « laurons ».

Ces paysages d’eau, qui annoncent la Camargue voisine, font état d’une diversité endogène avec des habitats et des formations végétales différentes, tels que les tourbières, prés-salés, landes, prairies, eaux stagnantes… Leur végétation, tantôt haute, rase ou buissonnante tranche avec la monotonie et l’aspect désertique de la steppe voisine.

Les cours d’eau du département, qu’ils soient larges ou minces, encaissés ou insérés au cœur de plaines alluviales, présentent un intérêt certain du point de vue de la biodiversité, mais du paysage.

Leurs ripisylves structurent le paysage, de manière continue ou ponctuelle et permettent de lire leur présence. Dans les terroirs les plus secs, les corridors rivulaires boisés participent à la variété des paysages et constituent des espaces de fraîcheur. Deux cours d’eau majeurs bordent le département : le Rhône et la Durance.

Le Rhône, en amont d’Arles et sa partie « Grand Rhône » en aval, est à l’image de son statut de fleuve majeur français. Son cours est « chenalisé », large, profond et peu sinueux. Il offre une ripisylve (forêt galerie, bordant les cours d’eau et constituée d’espèces hygrophiles) étroite et vieillissante, coincée entre les berges et les zones agricoles en arrière. Les digues qui le bordent à certains endroits rompent les connexions visuelles avec le fleuve.

Le Petit-Rhône est moins aménagé avec de larges méandres et des berges souvent plus sauvages. Quelques milieux aquatiques annexes accompagnent le fleuve (lônes, canaux, mares) alimentés par la nappe d’accompagnement ; ils restent rares compte-tenu du fort niveau d’aménagement.

La Durance a un aspect très différent du Rhône : il s’agit d’une rivière de type méditerranéen dite « en tresses », caractérisée par ses iscles (bancs de sable) graveleux et ses multiples bras sillonnant sur un lit très large. Elle présente un régime mixte pluvio-nival, influencé par les apports pluviométriques liés à la fonte des neiges et les précipitations irrégulières du climat méditerranéen. Elle présentait ainsi, par le passé, alternativement des crues catastrophiques et des étiages sévères. Les aménagements hydro-électriques dont elle a fait l’objet tempèrent aujourd’hui ses caprices et profitent au développement de sa ripisylve.

Enfin, le département est sillonné par d’autres cours d’eau plus ou moins importants, qui constituent tous des milieux aquatiques notables et des lieux de refuge sur ce territoire méditerranéen. Leurs paysages évoluent de façon contrastée à l’image des périodes de fortes précipitations ou de sécheresse. Ils se nomment l’Arc, la Touloubre, l’Huveaune…accompagnés de leur ripisylve en majorité de peupliers blancs et noirs. Certains offrent, au-delà de ces forêts rivulaires, un cortège de zones aquatiques .